В заупокойном богослужении принимали участие Предстоятели Поместных Православных Церквей — Патриархи: Константинопольский Варфоломей, Грузинский Илия, Румынский Даниил, Архиепископ Афинский и всей Эллады Иероним, Архиепископ Тиранский и всея Албании Анастасий, Митрополит Чешских земель и Словакии Христофор, а также представители Поместных Православных Церквей: от Александрийской Православной Церкви — митрополит Аксумский Петр; от Антиохийской Православной Церкви — представитель Патриарха Великой Антиохии и всего Востока в Москве епископ Филиппопольский Нифон; от Иерусалимской Православной Церкви — митрополит Капитолиадский Исихий; от Сербской Православной Церкви — председательствующий в Священном Синоде Сербской Православной Церкви митрополит Черногорский и Приморский Амфилохий; от Болгарской Православной Церкви — митрополит Видинский Дометиан; от Кипрской Православной Церкви — митрополит Пафосский Георгий; от Польской Православной Церкви — архиепископ Лодзинский и Познаньский Симон; от Православной Церкви в Америке — архиепископ Оттавский и Канадский Серафим.
Об упокоении почившего Первоиерарха молились архиереи Русской Православной Церкви — более 170 иерархов, прибывших в Москву для участия в траурных мероприятиях. Согласно воле Святейшего Патриарха Алексия, его отпевание совершалось по иерейскому чину.
За богослужением присутствовали также представители инославных церквей — от Римско-Католической церкви председатель папского совета по содействию христианскому единству кардинал Вальтер Каспер, почетный председатель папского совета «Справедливость и мир» кардинал Роже Эчегерай, представитель Ватикана в России архиепископ Антонио Меннини, духовный руководитель Общины святого Эгидия епископ Винченцо Палья, директор Института Восточных церквей (Регенсбург, Германия) монсеньор Альберт Раух, настоятель Общины Тезе брат Алоиз; от Армянской Апостольской церкви Верховный патриарх и католикос всех армян Гарегин II, архиепископ Арцахский Паргев (Мартиросян), председатель ОВЦС архиепископ Езник (Нерсисян), глава Ново-Нахичеванской епархии Езрас (Нерсисян); от Сиро-Маланкарской церкви Индии — митрополит Мумбаи Геваргиз мар Курилос, от церкви Англии — епископ Лондонский Ричард Чартрз, от Евангелической церкви в Германии — епископ Мартин Шиндехютте, от церкви Норвегии — пастор Олав Фюксе Твейт, от Евангелическо-Лютеранской церкви Финляндии — епископ Войто Хуоттари, от Конференции европейских церквей (КЕЦ) — президент КЕЦ Жан-Арнольд де Клермон и генеральный секретарь КЕЦ Колин Уильямс.
Перед началом совершения чина отпевания Патриарха Алексия в Храм Христа Спасителя прибыли Президент России Дмитрий Медведев и председатель правительства Владимир Путин. Проститься с Первоиерархом Русской Православной Церкви прибыли и главы иностранных государств: президент Белоруссии А. Лукашенко, президент Молдавии В. Воронин, президент Сербии Б. Тадич, президент Армении С. Саргсян, многочисленные официальные лица, религиозные и общественные деятели, послы иностранных государств.
На отпевании пели хоры Храма Христа Спасителя, Троице-Сергиевой лавры, Сретенского и Новоголутвинского монастырей. Во время богослужения проходила церемония прощания со Святейшим Патриархом Алексием: архиереи и высокопоставленные гости поочередно подходили к гробу для последнего целования.
По завершении отпевания и церемонии прощания с Предстоятелем Русской Православной Церкви гроб с телом Патриарха на руках архиереев был вынесен из храма. По существующей традиции и согласно воле Святейшего Патриарха Алексия, гроб с его телом был обнесен вокруг Храма Христа Спасителя — кафедрального собора столицы, который стал зримым символом церковного возрождения России.
После того, как гроб с телом почившего Патриарха был обнесен вокруг собора, на площадке у Западного крыльца собора была совершена лития, по окончании которой по пандусу Храма Христа Спасителя гроб был поднесен к катафалку. Затем похоронный кортеж проследовал в Богоявленский кафедральный собор в Елохове.
По маршруту следования кортежа на улицах Москвы почившего Предстоятеля Русской Православной Церкви в последний путь провожали тысячи верующих. После прибытия к Богоявленскому собору гроб был перенесен от соборного сквера и установлен на кафедре в центре храма. Служение последней заупокойной литии у гроба Святейшего Патриарха Алексия возглавил Местоблюститель Патриаршего престола митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл. За последним богослужением у гроба почившего Патриарха молились иерархи Русской Православной Церкви, представители Поместных Православных Церквей.
По окончании литии гроб пятнадцатого Предстоятеля Русской Православной Церкви Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II согласно его воле был погребен в Благовещенском приделе Богоявленского кафедрального собора. Над могилой установлено временное деревянное надгробие, на котором золотыми буквами начертано «Святеший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. Святительство твое да помянет Господь Бог во Царствии Своем». Русская линия
«Святительство твое да помянет Господь Бог во Царствии Своем» Состоялось отпевание и захоронение пятнадцатого Предстоятеля Русской Православной Церкви Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II...
Сегодня, 9 декабря, после завершения 
Перед началом совершения чина отпевания Патриарха Алексия в Храм Христа Спасителя прибыли Президент России Дмитрий Медведев и председатель правительства Владимир Путин. Проститься с Первоиерархом Русской Православной Церкви прибыли и главы иностранных государств: президент Белоруссии А. Лукашенко, президент Молдавии В. Воронин, президент Сербии Б. Тадич, президент Армении С. Саргсян, многочисленные официальные лица, религиозные и общественные деятели, послы иностранных государств.
После того, как гроб с телом почившего Патриарха был обнесен вокруг собора, на площадке у Западного крыльца собора была совершена лития, по окончании которой по пандусу Храма Христа Спасителя гроб был поднесен к катафалку. Затем похоронный кортеж проследовал в Богоявленский кафедральный собор в Елохове.